ファイルを1行1行を読みこんで処理する

$ cat foo.sh 
#!/bin/bash --norc

cat infile |
        grep -v "^[[:space:]]*$" |   # 空行をSKIP
        grep -v "^[[:space:]]*#" |   # #で始まる行をSKIP
while read LINE
do
        LINE=`echo ${LINE} |sed 's/[[:space:]]*#.*//g'`    # #以降はコメント扱い
        echo ":${LINE}:"
done

exit 0
$ 
$ cat infile 
## comment
line1 #1
 line2 #2
        line3 #3
         line4#4
         line5　#5

 # comment
        # comment
         # comment
$ 
$ ./foo.sh 
:line1:
:line2:
:line3:
:line4:
:line5:
$